hıristiyan tanrısından bahsediyorsanız "he". kutsal üçlemeden dolayı baba konumunda çünkü.
ancak islamiyet tanrısı olan allahtan bahsediyorsanız "it" denilebilir (dava açmayın hemen, he/she/it'in it'i bu, köpek manasında değil). bildiğim kadarıyla islamiyette tanrıya atfedilen bir cinsiyet yok ama yanılıyor olabilirim tabii.
edit: verdiğiniz linkte daha en başta arapçada eril kişi zamiri kullanıldığından bahsetmiş, o halde ingilizcesi de "he" olur.
(bkz:
tüh erkekmiş)