hangi sql sunucusunda çalışacağını yazmamışsın. ben mysql varsayıyorum.
2. bir sorguyla negatif değerleri silmek, tek sorguda if ya da case kullanmaktan daha basit olacağı için ben 2 sorguyla yaptım.
tarih tuttuğun kolonların adına tarih1, tarih2 diyelim, farkı tuttuğun yere de fark diyelim.
update tablo
set fark = PERIOD_DIFF(replace(tarih2, "-", ""), replace(tarih1, "-", ""));
bu update sorgusu hepsinin farkını fark kolonuna atayacak. sen takip ediyorsa, yani tarih2 tarih1'den büyükse yazsın demişsin, o yüzden 1'den küçük değerleri null'a ya da 0'a ya da istediğin başka bir şeye kolayca çevirebilirsin.
update tablo set fark = null where fark < 1;
0