ssl sertifikası adrese verilir port ile bir alakası yok, ancak https protokolü 443'e tanımlanmıştır, yani https:// yazdığınızda browser 443'den erişimi dener, sitenizdeki linkleri düzenleyip manuel olarak portu belirtmeniz gerekir.
Mealen; 443'de kullandığınız sertifikayı 90'dada kullanabilirsiniz. yinede tavsiye etmiyorum 1024 altındaki portlar bilinen servisler için ayrılmıştır, yarın öbürgün 90'nıncı portda bir servis çalışmak isterse çalışamaz.
tr.wikipedia.org